Ulf Pettersson – Mekanismer för adenovirusinfektion

Målet för vår forskning är att i detalj karaktärisera transkriptomet hos adenovirus samt i en adenovirusinfekterad cell. Transkriptomet motsvarar alla gener som är aktiva vid en viss tidpunkt. För våra analyser använder vi de senaste teknikerna för sekvensering av arvsmassan.

Adenovirus, som framkallar förkylningssymtom hos människa och cancer hos försöksdjur, har historiskt spelat en stor roll för vår nuvarande kunskap om genernas uttryck och kontroll. Idag finns ett ökat intresse för att använda viruset för överföring av genetiskt material vid genterapi eller för att angripa tumörceller.

Våra resultat visar att adenovirus transkriptom är mycket mer komplext än man hittills trott. Vi har tagit fram en karta som visar på viktiga områden hos de aktiva generna, så kallade splice site och polyadenyleringsställen. Vi har identifierat gener hos de infekterade cellerna som ökar eller minskar i aktivitet under infektionsförloppet. Vi har även upptäckt en grupp så kallade micro-RNA som är felaktigt reglerade under infektionen. Våra studier av långa icke-kodande RNA-molekyler har också gett en del oväntade resultat.

På senare tid har vår forskning fokuserat på genaktiviteten i de infekterade cellerna, baserat på vilka proteiner som bildas. Våra resultat var oväntade och visade på en generellt svag korrelation mellan RNA- och proteinnivåer under infektionen.

Resultaten visar att posttranskriptionell reglering, dvs förändringar som sker efter att RNA avlästs från DNA:t, är ytterligare ett verktyg som adenoviruset har för att optimera sin förökning. Gradvis bygger vi upp en karta över de regulatoriska nätverk som används under adenovirusinfektionens olika faser.

 

 

Foto: mikropipetter